La trama del juego se sitúa 30 años después de lo acontecido en Killzone 3. Tras los acontecimientos catastróficos que prácticamente destruyeron el planeta Helghan, los supervivientes y refugiados Helghast son repatriados al planeta Vekta, donde como parte de los acuerdos de reconciliación con la Interplanetary Strategic Alliance (ISA), se les otorga su propio territorio. Allí, en el planeta Vekta, los Helghast luchan por su derecho a existir, mientras que los victoriosos miembros de la ISA y sus compatriotas Vektans luchan por su propia supervivencia tras una guerra que casi aniquila sus filas.

Los supervivientes y refugiados Helghast son repatriados al planeta Vekta

Es en este contexto donde se enmarca la ciudad de Vekta City, la localización donde transcurren los hechos del tráiler del juego. Auténtica capital y núcleo del planeta Vekta, Vekta City es un prodigio tecnológico y ecológico que se alimenta de energía hidroeléctrica gracias a su situación en los bordes de una enorme presa de agua. En Killzone: Shadow Fall, Vekta City, antaño joya de la corona de la Humanidad en el sistema Alpha Centauri, se encuentra dividida por un enorme muro que separa el sector Helghast con el sector de los colonizadores humanos originales de Vekta, cuyos habitantes, como ya hemos dicho, son conocidos simplemente como Vektans.

Vekta City es un prodigio tecnológico y ecológico que se alimenta de energía hidroeléctrica

Ambas civilizaciones han convivido hasta ahora en una relativa paz, que algunos no dudan en denominar como Guerra Fría. Pero la paz salta por los aires con un ataque inesperado de los Helghast que acaba con cientos de civiles Vektans. El jugador, en el papel de Lucas Kellan, un miembro de la unidad de inteligencia conocida como Shadow Marshalls, deberá trabajar por restaurar la paz embarcándose en misiones de todo tipo: desde infiltraciones hasta combate abierto. La guerra ha vuelto a comenzar.